מקור המונח קולוניה בלטינית ומשמעותו המקורית היא "שטח אדמה שיועד לעיבוד חקלאי". היות שבעת העתיקה נהגו לא אחת להשיג שטחים אלה באמצעות כיבוש ובהמשך ליישב בהם חקלאים, קיבל המונח את משמעותו המוכרת כיום. העיר הגרמנית קלן נוסדה על ידי הרומאים, שכינו אותה Colonia (וזה גם שמה של העיר בספרדית, באיטלקית, בפורטוגזית ובקטלאנית). בארץ ישראל הייתה מושבה של חיילים רומאים בשם קולוניה, שמיקומה בהרי ירושלים בין מוצא למבשרת ציון. השם קולוניה השתמר בשמו של כפר ערבי נטוש בשם קאלוניה (Qalunya) שהיה במקום עד אפריל 1948.

ב"עידן האימפריאליזם", שהחל בהקמת האימפריה הספרדית באמריקה במאה ה-15 והסתיים בפירוק האימפריה הבריטית במאה ה-20, נהגו מדינות אירופה, ארצות הברית ואחרות לתפוס שליטה פוליטית בחלק ניכר מהטריטוריות בעולם. המילה "קולוניה" קיבלה את משמעותה כמושג המאפיין טריטוריה מחוץ לגבולות המדינה אך בשליטתה, שבה מרבית האוכלוסייה היא "ילידים".