טכנית, המדינות לא ויתרו רשמית על ריבונותן או על עצמאותן, אך במושגים פרקטיים, הן היו יחידות אוטונומיות בלבד, כשהמונרך מחזיק בריבונותן, ובפרט מוביל את יחסי החוץ שלהן. למדינות היו אינטרסים שונים משלהן (במיוחד אי שביעות הרצון של האצולה השוודית מהתפקיד המרכזי ששיחקה דנמרק באיחוד), דבר שהוביל בסופו של דבר לעימות בין המדינות המאוחדות, ולפער ביניהן, שהלך והתעצם עד לפירוק האיחוד בשנת 1523, כשגוסטב ואסה הפך למלך שוודיה. טכנית, האיחוד מעולם לא בוטל. נורווגיה ומושבותיה, המשיכו להוות חלק מדנמרק, כחלק מממלכת דנמרק-נורווגיה, תחת שושלת אולדנבורג, למשך מספר מאות לאחר פירוקו של איחוד קאלמאר.