הקיסר עלם סגד הוכתר במהלך מרד שהובל על ידי סרצה קראסטוס, מינוי שהצליח רק כאשר הקיסר סוסניוס מת ב-1632. כאשר קיבל את מושכות השלטון החזיר עלם סגד באופן מיידי את כוחה של הכנסייה האתיופית, ביקש מפטריארך אלכסנדריה אבונה (הגמון) חדש והחזיר את השליטה המצרית על ראשות הכנסייה. כאשר שמע שמומבסה מופגזת על ידי הפורטוגזים, חשד הקיסר כי הפטריארך הקתולי אפונסו מנדש (Alfonso Méndez) עמד מאחורי המהלך. הוא ניצל זאת לגירוש יתרת היישועים מאדמת אתיופיה בשנת 1633. ברשומות נכתב כי "הפרנג'י מנדש שב לארצו שלו", אך בפועל עשו מנדש ומרבית תומכיו את דרכם לגואה שבהודו ונטען כי נשבו ונשדדו מספר פעמים בדרכם. ממקום מושבו בגואה ניסה מנדש לתאם התערבויות צבאיות קתוליות נוספות נגד קיסר אתיופיה, אך ללא הועיל. מנגד, ביקש הקיסר עלם סגד משכניו המוסלמיים - מסולטאן סנאר באזור הנילוס הכחול, משליט מוח'א שלחוף תימן, מהפחה של עיר הנמל סואכין לחופי סודאן ומהשלטונות המצריים בקהיר - לא להתיר לפרנג'ים או לאירופאים אחרים לעבור בשטחם לכיוון אתיופיה. הקיסר רדף את המאמינים הקתוליים הנותרים באתיופיה וזכה לקיתונות של גידופים בספרות הקתולית של ימיו. ב-1665 הורה הקיסר להעלות באש את "ספרי הפרנג'ים" - כינוי לכתבי הקודש הקתוליים.

פאסיל גם ייסד את העיר גונדר, קבע בה את ארמונו פאסיל גמב והפכהּ לבירת האימפריה האתיופית‏ על מנת לחזק את ההגמוניה הנוצרית במחוז דאמבייה, ששם הייתה קהילה יהודית גדולה. מהלך זה של הקיסר גרם לאמהריזציה של האזור ובתקופתו החלו יהודי אתיופיה להתבלט בעסקי ההלוואות, הבנייה, הנגרות ואומנויות נוספות הנדרשות על ידי תושבי האזור בעלי האדמות. עד היום משמש השם פַסִיל, לצד השם פֶקָדוּ ("פּוֹקד" בעברית), שם פרטי לילודים זכרים בקרב יהודי אתיופיה.