גוף הראיות המדעיות והרפואיות תומך בטענה שיעילות הטיפול ההומאופתי, אם בכלל הושגה, נובעת אך ורק מאפקט הפלצבו. תומכי השיטה מצביעים על מחקרים בודדים שהראו השפעה של חומרים מהולים עד כדי כך שלא נותר בהם כל חומר פעיל, בדומה למקובל בהומאופתיה אך טענות אלה נשללו על ידי מחקר גדול שבוצע באוסטרליה. רמדי הומאופתי בדרך כלל מהול כל כך, עד שקיימת סבירות זניחה להמצאות אפילו מולקולה אחת מן החומר המקורי ברמדי; על כן, הטענה שלטיפולים מסוג זה תהיה השפעה רפואית איננה תואמת לידע הביו-רפואי, וסותרת את העקרון הכימי הבסיסי, לפיו רמת הפעילות של תמיסה עומדת ביחס לריכוז החומר הפעיל בה (Law of mass action).

מבקרי השיטה מבססים את ביקורותיהם, בין היתר, על כך שמספר המחקרים האיכותיים שתומכים בהומאופתיה קטן, ומסקנותיהם אינן מובהקות סטטיסטית. ניסיונות לשכפל את תוצאות המחקרים נמצאו בעייתיים במקרה הטוב. המחסור בראיות מדעיות לתמיכה ביעילותה, והשימוש ברמדי שבדרך כלל אינם מכילים חומר פעיל, גרמו להתייחסות להומאופתיה כאל פסבדו-מדע ואף כאל הונאה רפואית. בסקירה מערכתית מקיפה משנת 1998 כונתה השיטה "תרפיית פלצבו במקרה הטוב, והונאה במקרה הרע".