לעתים מגנטיט נמצא בכמויות גדולות בחול ים (מספיקה העברת מגנט קרוב לחול על מנת לתפוס גרגרי מגנטיט). חול שמכיל מגנטיט נמצא במגוון מקומות כמו קליפורניה וניו זילנד. מרבצי מגנטיט אחרים נמצאים בשוודיה, נורווגיה, גרמניה, איטליה, שווייץ, דרום אפריקה, הודו, מקסיקו ובארצות הברית באורגון, ניו ג'רזי, פנסילבניה, צפון קרוליינה, וירג'יניה, ניו מקסיקו, יוטה וקולורדו. ביוני 2005 חברת מחקר מצאה מרבץ עצום של מגנטיט בפרו.

גבישי מגנטיט נמצאו במספר בקטריות (לדוגמה Aquaspirillum magnetotacticum) ובמוחן של דבורים, טרמיטים ומספר ציפורים (לדוגמה יונה). גם בבני אדם נמצא גביש מגנטיט זעיר באף. השערות מציעות שאורגניזמים מסוימים יכולים לחוש בשדה המגנטי של כדור הארץ בעזרת גבישי המגנטיט שמצויים בגופם וכך לנווט בו.