צנעא נוסדה במאה ה-2 לפנה"ס או במאה ה-1 לפנה"ס, כמצודה מבוצרת במפגשן של דרכי מסחר. היא נשלטה על ידי ממלכות חמיר וסבא, והחל מהמאה ה-3 הייתה לבירתה של האחרונה. היא הייתה מרכז דתי יהודי ונוצרי ונשלטה על יד ממלכת אקסום ועל ידי האימפריה הסאסאנית. האסלאם הגיע לעיר בתחילת המאה ה-7 והיא הייתה למרכז חשוב להפצתו. השליטה בעיר עברה פעמים רבות בין השבטים והשושלות המקומיות בתימן, והיא נכבשה גם על ידי הממלוכים והעות'מאנים. מאז 1918 העיר היא חלק מתימן העצמאית, על גילגוליה השונים, ומשך רוב הזמן שימשה כבירתה. מרכזה ההיסטורי של העיר הוכרז כאתר מורשת עולמית בשנת 1986, והיא נבחרה כבירת התרבות הערבית לשנת 2004.