• יהונתן – בנו של שאול המלך ואהוב נפשו של דוד
• יונתן בן אביתר - דמות מקראית בנו של אביתר הכהן.
• יונתן הוופסי (המאה ה-2 לפנה"ס) – מנהיג החשמונאים לאחר יהודה המכבי וכהן גדול
• יונתן בן עוזיאל – תנא בדור הראשון לתנאים, גדול תלמידיו של הלל הזקן, תרגם את הנביאים לארמית
• יונתן בן חנן - כהן גדול מבית חנן בבית המקדש השני בשנים 37-36 לספירה
• רבי יונתן – תנא שחי בדור הרביעי של התקופה
• רבי יונתן בן אלעזר - אמורא ארצישראלי, שחי בדור הראשון של התקופה
• רבי יהונתן מלוניל – מהבולטים שבבעלי התוספות בפרובאנס, מחבר "פירוש רבנו יהונתן" על כל ספר ההלכות של הרי"ף
• יוני גרשטיין - מאייר וקריקטוריסט חרדי.

אישים ששם משפחתם יונתן או יהונתן:

• משפחת כהן יהונתן – משפחת כהנים ממוצא אלג'יראי אשר התגוררה בג'רבא שבתוניסיה
• נתן יונתן - משורר ישראלי
• צפירה יונתן - מוזיקאית ישראלית ומורה למוזיקה; בתו של יוסף שה-לבן

אחר:

• יונתן (מושב) – מושב ברמת הגולן
• תרגום יונתן – תרגומו של יונתן בן עוזיאל לספרי הנביאים
• פלוגת יהונתן – יחידה של "ההגנה" (הוקמה באפריל 1948) אשר הורכבה מנערים מתחת לגיל גיוס ומנערים שהיו בגדנ"ע וממפקדיהם
• מבצע יהונתן – פעולת תגמול שביצע בשנת 1956 גדוד צנחנים כאשר פשט על בניין המשטרה הירדנית בא-רהווה בדרום הרי חברון
• מבצע יונתן – מבצע שערך צה"ל באוגנדה, במטרה להציל 105 חטופים יהודים וישראלים ובו נהרג מפקד הכוח, יונתן נתניהו
• "יונתן הקטן" – שיר ילדים ידוע
• יונתן - זן של תפוחים