המונח הוא הלחם של המלים הומו ופוביה, שפירושה בעת או חרדה, אף כי במקרה זה, משמעותה היא חברתית ולא קלינית, בדומה לשימוש בה במושג קסנופוביה – שנאת זרים, שגם לה אין מובן קליני. לפי הגדרתה, הומופוביה איננה פוביה במשמעות הקלינית-רפואית המקובלת של המושג.