בסוף המאה ה-18, כלל המבנה שמונה מגדלים צמודים בני 5-7 קומות בגובה של כ-24 מטר, שהקיפו שתי חצרות פנימיות ונשקיה. האסירים הוחזקו במגדלים, בחדרים באורך 4.6 מטר, שהכילו מגוון רהיטים. התאים התת-קרקעיים המסריחים, רוחשי המכרסמים, המקקים והטפילים לא היו עוד בשימוש. למושל הכלא ניתנה קצבה יומית עבור האסירים לפי מעמדם - מ-19 ליברות ליום למדענים ולאקדמאיים ועד ל-3 עבור פשוטי העם. מבחינת התנאים היו בתי כלא רבים בצרפת שהיו גרועים מן הבסטיליה, אך הבסטיליה הייתה בעיני הכותבים הפופולריים מקום של אימה ודיכוי - סמל לאכזריות השלטון המלוכני.