נהוג להבחין בין מחסן פרטי למחסן מסחרי. מחסנים משמשים גורמים מסחריים שונים, כמו יצרנים, יבואנים, יצואנים, סיטונאים, עסקי לוגיסטיקה ושליחויות, מכס, וכו'. מחסנים מסחריים נמצאים בבניינים גדולים באזורי תעשייה. הם מצוידים ברציפי העמסה למשאיות (או לעתים לספינות); ולעתים הסחורה מועמסת ישירות לנמל תעופה, נמל ימי או תחנת רכבת. לעתים קרובות יש גם עגורנים ומלגזות המסייעות בשינוע הסחורה, המצויה - לפי תקני ISO, על משטחי משא. בשל מורכבות ניהול מחסנים, הם דורשים לעתים שימוש במערכת ניהול מחסן ממוחשבת. במחסנים כאלו יש לעתים מערכת אחסון אוטומטית המאפשרת אחסון וליקוט של הפריטים באמצעות מערכת רובוטית.