מערכות בעלי החיים המוכרות ביותר הן רכיכות (Mollusca), ספוגיים (Porifera), צורבים (Cnidaria), תולעים שטוחות (Platyhelminthes), תולעים נימיות (Nematoda), תולעים טבעתיות (Annelida), פרוקי רגליים (Arthropoda), קווצי עור (Echinodermata) ומיתרניים (Chordata), שהיא המערכה שבה נמצא האדם. בממלכת החי קיימות 35 מערכות לערך, ולמרות זאת מרבית המינים נמצאים בתשע המערכות שהוזכרו. מערכות רבות כוללות רק מינים שחיים באופן בלעדי במים; מערכות אחרות מכילות הן מינים שחיים במים והן מינים שחיים ביבשה; רק מערכה אחת מכילה רק מינים שנעדרים מהמים באופן מוחלט – מערכת נושאי ציפורניים (Onychophora). המערכה האחרונה שהתגלתה היא מערכת ה-Cycliophora, שנצפתה לראשונה ב-1993; רק שלוש מערכות נתגלו ב.

המפץ הקמבריוני (Cambrian explosion), שהתרחשה לפני 542 עד 530 מיליוני שנים לערך, הביאה לשגשוגן של צורות החיים על פני כדור הארץ; במהלך תקופה זו נוסדו כל המערכות המודרניות, וכן מערכות שמיניהן נכחדו מאז. עם זאת, במהלך השנים המערכות החליפו תפקידים בין אחת לאחרת. לדוגמה, במהלך תור הקמבריום השתייכו בעלי החיים הגדולים והדומיננטים למערכת פרוקי-הרגליים, בעוד כיום בעלי החיים הדומיננטים הם בעלי חוליות ומשתייכים דווקא למערכת המיתרניים.