בימי הביניים התקיימו בעברית ארבע שיטות ניקוד זו לצד זו: הַטַּבְרָנִית, הבבלית, הארצישראלית, והארצישראלית-טברנית. שיטות אלו שימשו בעיקר לניקוד הטקסט המקראי, אך גם לניקוד טקסטים של משנה, תלמוד, ותרגומים לארמית למקרא. השיטה הטברנית נתפסה כמדויקת ביותר, ודחקה את רגלי שלוש השיטות האחרות. במקביל לשיטות הניקוד היהודיות פיתחו השומרונים שיטת ניקוד משלהם, שיטת הניקוד השומרונית, המשקפת את הגיית העברית והארמית בפיהם.

בשל נסיבות היסטוריות, בעברית בת ימינו משתמשים בסימנים הגרפיים של שיטת ניקוד אחת (השיטה הטברנית) כדי לסמן את ההגייה העומדת מאחורי שיטת ניקוד אחרת (השיטה הארצישראלית). המשמעות היא שיש חוסר התאמה בין ההגייה לבין השיטה לסימונה.