È detta
monofilia la proprietà di un insieme di
specie di essere tutte e sole le discendenti di un comune antenato. Un gruppo con tale proprietà è detto
monofiletico o
clade. Un gruppo monofiletico è caratterizzato da una o più
autapomorfie che lo contraddistinguono, ed è quantomai importante evidenziare come spesso tali autoapomorfie possono anche esser perse nello stadio adulto, ma comunque mantenute a livello embrionale, spesso in seguito a processi di
pedogenesi. Le ramificazioni esterne vengono dette di
outgroup. Esempi possono essere il clade
Vertebrata, il genere
Homo o anche il genere
Canis, mentre sicuramente non possono esser definiti monofiletici raggruppamenti come gli
Agnatha. Per determinare la monofilia di un gruppo si utilizzano varie metodologie di caratterizzazione
filogenetica, da quelle molecolari utilizzando diversi marcatori genetici a quelle
classiche morfologiche secondo il "
Criterio della massima parsimonia".