Genotyyppi eli
perimätyyppi on yksilön vanhemmiltaan perimien kaikkien
geenimuotojen kokonaisuus. Sen sisältämä koodi vaikuttaa yksilön
fenotyyppiin ratkaisevasti, mutta vaikutuksen aste vaihtelee suuresti ominaisuudesta riippuen. Ympäristön ja perimän vaikutuksesta yksilönkehitykseen ja ominaisuuksiin on kiistelty siitä lähtien, kuin
genetiikka on ollut olemassa. Geenituotteen ilmentymistä organismissa kutsutaan ekspressioksi. Tietyn ominaisuuden suhteen (esimerkiksi hauislihaksen voima) geneettisen ekspression (esimerkiksi aktiinin, myosiinin ja troponiinin määrä sekä vaikkapa hermo-lihas-yksikön reseptorien signaalikaskadien toiminta tuossa lihaksessa) aste kyetään määrittämään ani harvoin, koska suurin osa ominaisuuksista on monigeenisiä. Näin ollen yleensä jonkin ominaisuuden riippuvuussuhteet yksilön genotyypistä esitetään lähinnä todennäköisyyksinä. Ihmisominaisuuksien kohdalla genetiikan ja ympäristön välistä suhdetta on pyritty selvittämään muun muassa klassisilla kaksostutkimuksilla. Termit genotyyppi ja fenotyyppi erotetaan toisistaan ainakin kahden syyn takia:
- Tarkkailijan tiedonlähteen erottelemiseksi (DNA:ta tutkimalla saa selville yksilön genotyypin, kun yksilön ulkoisia ominaisuuksia tutkimalle saa selville fenotyypin).
- Genotyyppi ja fenotyyppi eivät aina ole suoraan vastaavia. Jotkut geenit ilmentävät tiettyä fenotyyppiä vain tietyssä ympäristössä ja käänteisesti tietyt fenotyypit voi aiheutua useammastakin genotyypistä.