Med ordet
fylogeni avses en
hypotes om släktskap mellan olika organismer, ofta illustrerad i form av ett fylogenetiskt träd. En fylogeni skapas genom en fylogenetisk analys av karaktärer. Historiskt sett har man använt sig av en organisms yttre
morfologi och
fysiologiska egenskaper när man har rekonstruerat fylogenier, men i och med
molekylärbiologins framsteg och utvecklandet av effektiva sekvenseringsmetoder för
DNA har även
genetiken blivit viktig för att konstruera hypoteser och förstå den evolutionära utvecklingen.