מסחר אלקטרוני מתחלק לשתי קטגוריות ראשיות, כל אחת עם המאפיינים הייחודיים לה, ועם מגוון גדול של כלי תוכנה שמאפשרים אותה:
- Business-to-Customer - B2C - עסקה הנקשרת בין גורם עיסקי ללקוח פרטי ("עסקה קמעונאית"). תחום זה מטפל ברכש מוצרים על ידי לקוח מזדמן, בדרך כלל לקוח ביתי. בית העסק מקים אתר אינטרנט, המשמש "חנות וירטואלית" ומציג בו את המוצרים שהוא מציע, והגולש עשוי להגיע לאתר זה במהלך חיפוש ממוקד אחר מוצר שהוא מעוניין בו, או בעקבות פרסום שראה באתר אחר. אתר אמזון הוא דוגמה בולטת לחנות וירטואלית כזו. לחליפין, עשוי בית העסק להצטרף ל"קניון וירטואלי", שבו צד שלישי אחראי לתפעול האתר, ובית העסק מטפל רק בהצגת המוצרים.
- Business-to-Business - B2B - עסקה הנקשרת בין שני גורמים עסקיים ("עסקה סיטונאית"). תחום זה מטפל בביצוע עסקאות בין ארגונים, הן כתהליך מרכזי בשרשרת הייצור של הארגון (חמרי גלם, כלי עבודה וכדומה) והן לצורך התהליכים הנלווים (ציוד משרדי, מיחשוב שולחני וכדומה). תחום B2B מתאפיין בקיום התקשרויות חוזיות ארוכות טווח בין קונים ומוכרים ובאפשרות להשתמש ברשתות תקשורת פרטיות במקום באינטרנט. ארגונים עשויים לסחור אלה עם אלה באמצעות תשתית פרטית, או באמצעות צד שלישי, המתמחה במסחר מסוג זה, ומכונה "זירת מסחר". חלק מהפעילות הבין-עסקית מתבצעת במודל זהה לזה של B2C; דהיינו: לקוח עסקי רוכש מוצרים בחנות וירטואלית. אולם בנוסף, יישומי מסחר בין גורמים נתמכים בטכנולוגיות ייעודיות כגון Electronic Data Interchange ו-Electronic Funds Transfer, אשר הוצגו לראשונה בסוף שנות ה-70. עם תחילת שנות ה-90 החלו ארגונים להשתמש במודל זה כתחליף לזירת המסחר המסורתית.
ביוני 2003 הוסדרו בישראל תקנות מס הכנסה המאפשרות שימוש ב
חשבונית אלקטרונית. מאז, מתרחבת בישראל רשת של ספקים ולקוחות אשר מיישמים חיבור B2B גם עבור הזמנות רכש וחשבוניות.בעת התפתחות המסחר האלקטרוני בשנות ה-90, חייבה כניסה לסחר האלקטרוני היערכות כללית של מחלקות החברה השונות: ייצור, שיווק, תפעול, מכירות וכיוצא בהן. חברות מסורתיות רבות "נכוו קשות" מכניסה לא-נכונה לסחר האלקטרוני. אתרי סחר רבים בארץ ובעולם, כגון 4sale ו-eToys, נסגרו בגלל תזרים מזומנים שלילי, אך לעומתם אתרי מסחר אחרים אחרים, כגון
eBay ואמאזון, זכו להצלחה גדולה. כיום מהווה המסחר האלקטרוני נדבך בפעילות העסקית של מרבית החברות.
