A
Föld minden élohelyén megtalálhatóak a baktériumok: vízben, szárazföldön vagy a levegoben, még mélytengeri hoforrásokban és nukleáris hulladékban is. Egy gramm talaj kb. 40 millió, egy milliliter felszíni víz egymillió baktériumsejtet tartalmaz. A
Földön pedig összesen mintegy 5
kvintillió (5 × 10
30) baktérium élhet. A baktériumok alapveto szerepet töltenek be a
bioszféra anyagforgalmában, mint például a légköri nitrogén megkötésében. Ennek ellenére a baktériumfajok nagy részét nem ismerjük: a baktériumtörzsek fele rendelkezik csak olyan fajokkal, amelyek laboratóriumi körülmények között tenyészthetok.