A separação entre os domínios
Bacteria e Archaea deu-se na
década de 1970, quando o microbiólogo
Carl Woese (1928-2012) verificou que ao comparar as sequências de
RNA ribossómico de várias espécies era possível separá-las em três grupos distintos. Apesar do nome (
Archaea em
grego significa “antigo”), este não significa que as Archaeas sejam mais semelhantes aos organismos primitivos do que as Bactérias ou os Eucariotas. Woese decidiu atribuir o nome
Archaea a este domínio para fazer sobressair a sua natureza mais primitiva relativamente aos Eucariotas .
Originalmente o termo
Archaebacteria (do
grego: bactéria primitiva; ) era usado para descrever esses organismos, e o termo
Eubacteria (do
grego: bactéria verdadeira; ) era usado para os demais seres procariotas. De modo a ressalvar as diferenças existentes entre estes dois domínios, o nome Archaebacteria é desaconselhado. A tendência atual, devido às diferenças estruturais, é utilizar
Bacteria ("bactéria" em
grego) apenas para os antigos Eubacteria, ajustando-se os nomes. O Archaea pode ser tratado como um reino, dentro do
domínio Procariota, ou como um domínio. Alguns autores ainda classificam o Archaea como um sub-reino dentro do Reino Monera.
