Yhteistoimintamenettely (EY:n perustamissopimuksen 252 artikla - entinen 189 c artikla) otettiin käyttöön Euroopan yhtenäisasiakirjalla. Se laajensi Euroopan parlamentin mahdollisuuksia vaikuttaa lainsäädäntöön komission ehdotuksiin sovellettavalla kahden käsittelyn menettelyllä. Maastrichtin sopimuksessa menettelyn soveltamisalaa ensi vaiheessa edelleen laajennettiin, mutta Amsterdamin sopimuksessa suunta vaihtui, ja painopiste asetettiin yhteispäätösmenettelyyn (EY:n perustamissopimuksen 251 artikla). Niinpä yhteistoimintamenettelyä sovelletaankin enää yksinomaan talous- ja rahaliittoa koskeviin kysymyksiin (EY:n perustamissopimuksen 99 artiklan 5 kohta ja 106 artiklan 2 kohta).
Yhteistoimintamenettelyn aluksi komissio tekee aina ehdotuksen neuvostolle ja Euroopan parlamentille. Ensimmäisen käsittelyn yhteydessä parlamentti antaa lausunnon komission ehdotuksesta. Neuvosto päättää sitten määräenemmistöllä yhteisestä kannasta, joka toimitetaan parlamentille tarpeellisine lisätietoineen ja perusteluineen, jotka ovat saaneet neuvoston hyväksymään kyseisen yhteisen kannan.
Parlamentti tarkastelee yhteistä kantaa toisessa käsittelyssä. Sillä on kolme kuukautta aikaa joko hyväksyä, muuttaa tai hylätä yhteinen kanta. Kahdessa viimeksi mainitussa tapauksessa päätös edellyttää parlamentin jäsenten ehdotonta enemmistöä. Jos parlamentti hylkää ehdotuksen, neuvosto voi päättää asiasta toisessa käsittelyssä vain yksimielisesti.
Komissiolla on tällöin kuukausi aikaa käsitellä uudestaan ehdotusta, jonka pohjalta neuvosto on päättänyt yhteisestä kannasta, ja toimittaa se neuvostolle. Se voi joko liittää ehdotukseensa parlamentin ehdottamat tarkistukset tai jättää ne liittämättä.
Neuvostolla on tämän jälkeen kolme kuukautta aikaa hyväksyä muutettu ehdotus määräenemmistöllä, muuttaa sitä yksimielisesti tai hyväksyä komission sivuuttamat tarkistusehdotukset niin ikään yksimielisesti.
Yhteispäätösmenettelyssä neuvosto voi aina käyttää veto-oikeutta ja kieltäytyä ottamasta kantaa Euroopan parlamentin tarkistusehdotuksiin tai komission muutettuun ehdotukseen ja siten lukkiuttaa lainsäädäntömenettelyn.
Laekenin julistuksella joulukuussa 2001 perustetun Eurooppa-valmistelukunnan tehtävänä on laatia ehdotuksia yhteisön eri säädösten hyväksymismenettelyjen yksinkertaistamiseksi. Se käsittelee tässä mielessä myös yhteistoimintamenettelyä.
Katso:
Euroopan komissio
Euroopan parlamentti
Euroopan unionin neuvosto
Hyväksyntämenettely
Talous- ja rahaliitto (EMU)
Yhteispäätösmenettely
Yksinkertaisen lausunnon menettely (kuulemismenettely)