התוספתא מסודרת לפי סדר המסכתות במשנה, ולכן היא כוללת שישה סדרים המחולקים לכ-60 מסכתות. סדר הדברים ברוב המסכתות דומה במשנה ובתוספתא, אם כי הן מביאות לעתים מסורות הפוכות והלכות שונות. כמו כן, במקרים רבים התוספתא מאריכה בענייני מוסר ואגדה. התוספתא מרבה גם להביא "מעשים" הנוגעים להלכות הנידונות במשנה.