פרוטוקול POP3 וקודמיו תוכננו במטרה לאפשר למשתמשים שאין להם חיבור-קבוע לשרת הדואר, דוגמת משתמשי מודם חיוג או ADSL, גישה לדואר האלקטרוני שלהם. במרבית המקרים, צד הלקוח מתחבר אל השרת, מוריד ממנו את ההודעות במלואן בסדר שבו התקבלו, ושומר אותן על מחשב הלקוח. לאחר מכן ההודעות נמחקות מהשרת. הפרוטוקול תומך באפשרות (אם כי השימוש בה הוא לא-נפוץ) להשאיר עותק מן ההודעה המקורית על השרת. בצורה זו יכול המשתמש לקרוא את הדואר שלו כאשר הוא כבר מנותק מהשרת, מפני שהוא קורא העתק מקומי של ההודעה.

אחת מחולשותיו של POP3 המקורי היא שהוא לא איפשר אימות מוצפן מול השרת, וכל ההזדהות של הלקוח בוצעה בטקסט גלוי. כיום קיימות מספר הרחבות לפרוטוקול, המאפשרות שיטות שונות של הצפנת הקשר בין הלקוח והשרת, דוגמת APOP המשתמשת בהצפנת פונקציה חד כיוונית על מנת להסתיר את שם המשתמש והסיסמה. קיימת גם אפשרות להצפין את כל תעבורת הנתונים על ידי שימוש ב-POP3 מעל שכבת SSL.