על פי סיפורים שונים, זפירוס היה נשוי למספר נשים:

• זפירוס היה בעלה של איריס, אלת הקשת בענן ושליחת האלים.
• זפירוס חטף את האלה כלוריס והעניק לה שליטה על עונת האביב. מאוחר יותר הוא התחתן עימה, והיא ילדה לו את אמפיקס, מופסוס וקארפוס.
• כמו כן, מסופר עליו שיחד עם ההרפייה (מפלצת מיתית בעלת ראש של אישה וגוף של ציפור) פודארג' הוא הוליד את בליוס וקסנתוס, סוסיו של אכילס.