ב-1971 הוענק לבופוטאצוואנה שלטון עצמי, וב-5 בדצמבר 1977 נהפכה בופטצוואנה למדינה עצמאית ותושביה איבדו את אזרחותם הדרום אפריקאית. כראש המדינה נתמנה לוקאס מנגופ שהיה שליט אוטוקראטי. בופוטאצוואנה הייתה הבנטוסטן היחיד שנשא את עצמו כלכלית, וככזו שימשה חלון ראווה לתוכנית הבנטוסטנים של הממשל הדרום אפריקאי. רמת החיים של תושביה הייתה גבוהה משל יתר הבנטוסטנים ומשל מרבית מדינות אפריקה השחורה. בשטח בופוטאצוואנה הקימו אנשי עסקים יהודים דרום-אפריקאים בסיוע ישראלי את עיר ההימורים והשעשועים סאן סיטי, שהייתה אטרקציה תיירותית אשר גילגלה ממון רב, העניקה תעסוקה לילידים, והביאה רווחים אדירים ליזמים ולשליטי המדינה.

ב-1988 ניסו אנשי כוחות השמירה של בופוטאצוואנה לבצע הפיכה, אך זו דוכאה כעבור זמן קצר יחסית בידי צבא דרום אפריקה וגורמי פנים בופוטאצוואנים.