המערכת השלטונית של השוגון נקראת "שוגונות", וביפנית "באקוּפוּ" (幕府). המשמעות המילולית של המילה באקופו היא "שלטון אוהל", והכוונה הסמלית הייתה לאוהלים שסימלו את מעמדם של הלוחמים בשדה הקרב. כיום מקביל התואר שוגון לתואר גנרליסימו. אף על פי שהמשמעות המקורית של המילה שוגון היא "גנרל", התואר עצמו הוא קיצור של התואר המלא סייאי טאישוגון (征夷大将軍), השליט היחיד לאורך ימי הביניים בהיסטוריה של יפן.