1521年（大永元年）第10代將軍義稙與管領細川高國不合被逐，高國擁立足利義晴就任為第12代將軍。 1526年（大永6年）高國的家臣香西元盛被殺，細川氏內部糾紛因此而起。  細川晴元擁立義晴之弟義維。1527年（大永7年）、桂川之戰中細川高國被打敗，實權由阿波國人三好元長掌握，義晴逃亡至近江國（滋賀縣）。元長擁立堺公方足利義維與之對立。 1531年（享禄4年）高國再在天王寺之戰中被打敗身亡。 戰後細川晴元與三好元長對立。 晴元在得到本願寺之協力下廢去堺公方，三好元長死亡。 1534年（天文3年）在六角定賴、六角義賢父子為後援下，義晴得歸回京中。將軍權威完全蕩然無存、成為傀儡。

1546年（天文15年）將軍職讓給其子足利義輝。 1547年（天文16年）遭到細川晴元攻擊京都陷落。 1550年（天文19年）死去、享年44。

1521年（大永元年）第10代將軍義稙與管領細川高國不合被逐，高國擁立足利義晴就任為第12代將軍。 1526年（大永6年）高國的家臣香西元盛被殺，細川氏內部糾紛因此而起。  細川晴元擁立義晴之弟義維。1527年（大永7年）、桂川之戰中細川高國被打敗，實權由阿波國人三好元長掌握，義晴逃亡至近江國（滋賀縣）。元長擁立堺公方足利義維與之對立。 1531年（享禄4年）高國再在天王寺之戰中被打敗身亡。 戰後細川晴元與三好元長對立。 晴元在得到本願寺之協力下廢去堺公方，三好元長死亡。 1534年（天文3年）在六角定賴、六角義賢父子為後援下，義晴得歸回京中。將軍權威完全蕩然無存、成為傀儡。

1546年（天文15年）將軍職讓給其子足利義輝。 1547年（天文16年）遭到細川晴元攻擊京都陷落。 1550年（天文19年）死去、享年44。