他是當時皇后（後來的持統天皇）唯一的兒子，在他年幼的時候（672年），發生了壬申之亂，這是一場皇位的爭奪戰。後來在679年時，天武天皇行幸吉野，下詔皇后、草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川島皇子、忍壁皇子、施基皇子等人，要求他們發誓以後不會為了皇位而有所爭奪，這件事史稱為「吉野盟約」。後來在681年時，正式立草壁皇子為皇太子。

686年時，天武天皇過世，皇后便代為執政，但這時候卻發生了大津皇子叛變之事。皇后為了要鞏固草壁皇子的地位，便逮捕大津皇子與他的黨羽，將大津皇子處以死刑。至於草壁皇子，當時負責主持處理天武天皇後事，包括建築陵墓與帶領祭拜等等。然而他天生體弱多病，就在689年以二十八歲之齡病逝。

他是當時皇后（後來的持統天皇）唯一的兒子，在他年幼的時候（672年），發生了壬申之亂，這是一場皇位的爭奪戰。後來在679年時，天武天皇行幸吉野，下詔皇后、草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川島皇子、忍壁皇子、施基皇子等人，要求他們發誓以後不會為了皇位而有所爭奪，這件事史稱為「吉野盟約」。後來在681年時，正式立草壁皇子為皇太子。

686年時，天武天皇過世，皇后便代為執政，但這時候卻發生了大津皇子叛變之事。皇后為了要鞏固草壁皇子的地位，便逮捕大津皇子與他的黨羽，將大津皇子處以死刑。至於草壁皇子，當時負責主持處理天武天皇後事，包括建築陵墓與帶領祭拜等等。然而他天生體弱多病，就在689年以二十八歲之齡病逝。