廣明元年（
880年）
黃巢大齊軍入長安，令孜挾持僖宗奔四川。中和元年（881年），僖宗至成都（今屬四川），令孜既有保駕之功，為左金吾衛上將軍，又封晉國公。光啟元年（
885年），僖宗回長安，以令孜為左右神策十軍使，更加專恣自肆。當時國庫空虛，軍費不足，令孜奏請收安邑、解縣兩鹽池之利全歸神策軍。田令孜派義子匡祐到河中，引起河中（今山西永濟西）軍士不滿，河中節度使王重榮拒不奉詔，上表陳訴令孜十罪。令孜率禁軍討重榮，重榮引河東（今山西太原西南）節度使
李克用沙陀部軍為援，大敗禁軍朱玫和李昌符。令孜乃縱火焚燒坊市和宮室，挾僖宗逃往鳳翔（今陝西鳳翔）、興元（今陝西漢中），僖宗不願再走，田令孜派兵挾持。邠寧節度使朱玫立嗣襄王李煴為皇帝，尊僖宗為太上皇。諸節度使擊殺朱玫，僖宗又回到長安。僖宗在鳳翔時諸鎮節度使上表請殺田令孜，宰相蕭遘率群臣上言“令孜顓國煽禍，惑小人計，交亂群帥”，亦請求誅殺田令孜。令孜為眾所不容，乃自署為西川監軍使，帶領拱宸奉鑾軍奔成都，依附其兄西川節度使陳敬瑄，在四川建立勢力範圍。大順二年（891年），令孜義子壁州刺史
王建攻入成都，陳敬瑄與田令孜開門出降，被囚於雅州，二年後令孜被縊殺。
