1603年其祖父卜台周去逝，因其父親莽骨速更早逝，林丹汗年僅13歲就即位， 他即位時，蒙古勢衰四分五裂，且受到東邊清太祖領導下的女真的侵擾，他力圖再度統一蒙古，並希望藉由與明朝合作來對抗女真，1617年(万歷四十五年），明朝在邊防壓力下，答應在廣寧提供其經濟支援來合抗女真，但其後數年，蒙古諸部不少投向後金，1622年後金又攻佔廣寧，1627年林丹汗決定西進攻取右翼諸部獲得成功，佔領河套歸化城一帶，並再次獲得明朝的支持，但這次的軍事成功未能阻止諸部投向後金，他逐漸勢單力孤，1632年被清太宗所敗，向西逃離，林丹汗最後在青海病死。內蒙古經此戰後服屬於清朝。

1603年其祖父卜台周去逝，因其父親莽骨速更早逝，林丹汗年僅13歲就即位， 他即位時，蒙古勢衰四分五裂，且受到東邊清太祖領導下的女真的侵擾，他力圖再度統一蒙古，並希望藉由與明朝合作來對抗女真，1617年(万歷四十五年），明朝在邊防壓力下，答應在廣寧提供其經濟支援來合抗女真，但其後數年，蒙古諸部不少投向後金，1622年後金又攻佔廣寧，1627年林丹汗決定西進攻取右翼諸部獲得成功，佔領河套歸化城一帶，並再次獲得明朝的支持，但這次的軍事成功未能阻止諸部投向後金，他逐漸勢單力孤，1632年被清太宗所敗，向西逃離，林丹汗最後在青海病死。內蒙古經此戰後服屬於清朝。