巽他海峡呈东北／西南向，最窄处24公里，海峡东部水深很浅，最浅处仅深20公尺，加上沙州、大浪和人造的障碍物如爪哇岛近岸的石油钻塔，都使船只难以航行。虽然如此，巽他海峡在数个世纪以来都是重要的航道，尤其在荷兰东印度公司把它用作通往印尼香料群島（英语：）的通道。浅而窄的海峡，加上不足够的海图，使现在大型的船只难以通行，这些船只因而改行马六甲海峡。

巽他海峡呈东北／西南向，最窄处24公里，海峡东部水深很浅，最浅处仅深20公尺，加上沙州、大浪和人造的障碍物如爪哇岛近岸的石油钻塔，都使船只难以航行。虽然如此，巽他海峡在数个世纪以来都是重要的航道，尤其在荷兰东印度公司把它用作通往印尼香料群島（英语：）的通道。浅而窄的海峡，加上不足够的海图，使现在大型的船只难以通行，这些船只因而改行马六甲海峡。