隆慶五年（1571年）生。萬曆二十八年（1600年）鄉試第一，翌年成進士，授江西浮梁（今景德鎮市）知縣。值豪強陰謀吞書院，起元執法，堅決抵制，終於保住書院。歷知浮梁、南昌，以廉惠著稱。萬曆四十年，受命湖广御史。不久，清兵攻破遼陽，改任通州参政。天启三年（1623年），召入为太仆少卿。兵科給事中朱童蒙詆毀道學為偽學，又上疏弹劾朱童蒙，朱童蒙被貶出京，外遷蘇州。翌年，任右僉都御史，巡撫蘇松十府，是時大水氾濫，起元上疏請浚江河，但朝廷不許。时吴中税监李實素貪橫，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”終於得罪魏忠賢。

朱童蒙後依附魏黨，魏忠賢遂矯旨將起元削职为民，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。天启六年（１６２６年）二月，诬陷周起元为巡抚时贪污十余万金，下令缉捕。都指挥佥事許顯純奉命拷打，天启六年九月，因肌肉糜烂至死。福王時，追諡忠惠。

隆慶五年（1571年）生。萬曆二十八年（1600年）鄉試第一，翌年成進士，授江西浮梁（今景德鎮市）知縣。值豪強陰謀吞書院，起元執法，堅決抵制，終於保住書院。歷知浮梁、南昌，以廉惠著稱。萬曆四十年，受命湖广御史。不久，清兵攻破遼陽，改任通州参政。天启三年（1623年），召入为太仆少卿。兵科給事中朱童蒙詆毀道學為偽學，又上疏弹劾朱童蒙，朱童蒙被貶出京，外遷蘇州。翌年，任右僉都御史，巡撫蘇松十府，是時大水氾濫，起元上疏請浚江河，但朝廷不許。时吴中税监李實素貪橫，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”終於得罪魏忠賢。

朱童蒙後依附魏黨，魏忠賢遂矯旨將起元削职为民，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。天启六年（１６２６年）二月，诬陷周起元为巡抚时贪污十余万金，下令缉捕。都指挥佥事許顯純奉命拷打，天启六年九月，因肌肉糜烂至死。福王時，追諡忠惠。