万历三十二年（1604年），以顾宪成与高攀龙为首的学者重修江苏无锡的东林书院，並在此讲学，每年一大会，每月一小会，会期各3天。东林书院则成为江南谈论国家时事的舆论中心，在此谈论国事的人则称自己为东林党人。《明史紀事本末》-{云}-：「今日之爭，始於門戶，門戶始於東林，東林始於顧憲成」。由于东林党人指责朝政奸臣，触动当时的专权阉党的魏忠贤，魏忠贤借“挺击、红丸、移宫”三案为由，唆使其党羽伪造《东林党点将录》上报朝廷，天启五年（1625年），熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到迫害，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都惨遭杀害。天启七年（1627年），崇祯帝（思宗）即位，逮治魏忠贤被流放安徽凤阳，东林党人餘人才免遭魏忠贤的迫害。崇祯二年，崇祯皇帝下令为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。東林黨與閹黨之間的鬥爭一直延續到清朝初年，史稱東林黨爭。

万历三十二年（1604年），以顾宪成与高攀龙为首的学者重修江苏无锡的东林书院，並在此讲学，每年一大会，每月一小会，会期各3天。东林书院则成为江南谈论国家时事的舆论中心，在此谈论国事的人则称自己为东林党人。《明史紀事本末》-{云}-：「今日之爭，始於門戶，門戶始於東林，東林始於顧憲成」。由于东林党人指责朝政奸臣，触动当时的专权阉党的魏忠贤，魏忠贤借“挺击、红丸、移宫”三案为由，唆使其党羽伪造《东林党点将录》上报朝廷，天启五年（1625年），熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到迫害，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都惨遭杀害。天启七年（1627年），崇祯帝（思宗）即位，逮治魏忠贤被流放安徽凤阳，东林党人餘人才免遭魏忠贤的迫害。崇祯二年，崇祯皇帝下令为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。東林黨與閹黨之間的鬥爭一直延續到清朝初年，史稱東林黨爭。