שלב במחזור חיי המערכת בו מתבצעות פעילויות שוטפות של הכנסת שינויים הכרחיים במערכת במטרתה לוודא את פעילותה השוטפת והתקינה. תחזוקה כוללת: תיקון תקלות, שינויים כפויים (Force Majeure) ותחזוקה מונעת. כל הדרישות והבקשות להכנסת שינויים פונקציונאליים שאינם "באג" ואינם הכרחיים (שו"שים), צריכים להתנקז לפיתוח המהדורה הבאה של המערכת. בעבר היה במפת"ח שלב אחד שנקרא "תפעול ותחזוקה", החל ממהדורה 7 פוצל שלב זה לשני שלבים נפרדים (אך קרובים) והם מטופלים בקיטים וברכיבים שונים של עץ המערכת. בגישה החדשה הרואה ביחידת המחשב "בית תוכנה" מצד אחד ו"בית חרושת" מצד שני, עומדים "פיתוח ותחזוקה" מול "תפעול (שילוב) וייצור". לתחזוקה מוקדש רכיב 4.6 בעץ המערכת.