השם מקדוניה הוא גם שמו של המחוז בצפון יוון הגובל ברפובליקה. המחוז היווני נקרא על-שם ממלכת מקדוניה העתיקה שהתקיימה מצפון ליוון, והתאחדה איתה בימי פיליפוס השני. גם רפובליקת מקדוניה ביקשה לאמץ סמלים הקשורים בממלכת מקדוניה העתיקה (כדוגמת שמש ורגינה), אולם מחאה חריפה מצד יוון הביאה לשינוי דגל הרפובליקה. יוון התנגדה לא רק לסמליה של הרפובליקה כי אם גם לשמה, ולפיכך מכונה הרפובליקה בארגונים בינלאומיים "הרפובליקה היוגוסלבית לשעבר של מקדוניה" (באנגלית: Former Yugoslav Republic of Macedonia - FYROM; בצרפתית: L'ex-république yougoslave de la Macédoine).