בהיסטוריוגרפיה מקובלת חלוקת תנועת ההעפלה מ-1934, לשלוש תקופות עיקריות:

• תקופה ראשונה – בין השנים 1934–1939. ההעפלה התגברה בעקבות החמרת מצבם של יהודי גרמניה לאחר עליית המפלגה הנאצית לשלטון והתגברות האנטישמיות באירופה. הבריטים הגבילו את מספר רישיונות העלייה (סרטיפיקטים) שניתנו, בעקבות כך החלה העלייה הבלתי-לגאלית. ההעפלה הייתה מצומצמת וחסרת ארגון מרכזי, והתנהלה בעיקר בשלושה נתיבים: תנועות הנוער היהודיות הציוניות, כגון "החלוץ" במזרח אירופה ואנשי ארגון "ההגנה" בארץ; "עליית אף על פי" בניהול אנשי התנועה הרוויזיוניסטית וגורמים פרטיים.
• תקופה שנייה - בין השנים 1939–1945. עקב התנערות הבריטים מהבטחותיהם למפעל הציוני, שינה דוד בן-גוריון את דעתו, מהתנגדות לעלייה בלתי-לגאלית לתמיכה בה והחליט, כחלק ממרד העלייה אותו יזם, לאמץ את "המוסד לעלייה ב'" שהוקם על ידי חברי קיבוצים מהקיבוץ המאוחד ולהעמיד בראשו את שאול אביגור. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה נהפכה ההעפלה למבצע הצלה. בתחילת המלחמה ההעפלה גאתה, אך לאחר מכן צומצמה מאוד עקב הקשיים הרבים שהציבה המלחמה. היא התמקדה בארצות הבלקן ובעלייה יבשתית ממדינות המזרח.
• תקופה שלישית – בין השנים 1945–1948. לאחר מלחמת העולם השנייה גאתה ההעפלה בניהול "המוסד לעלייה ב". על אף הסגר הימי שהוטל על ידי הצי הבריטי הובאו ארצה כ-84,000 מעפילים, מהם מעל ל-70,000 באוניות בפיקוד ימאי הפלי"ם. רבים מניצולי השואה רצו לעזוב את ארצותיהם, והבריחו את הגבולות למערב אירופה בעזרת ארגון "הבריחה" ושוכנו במחנות עקורים. בקיץ 1947 הוחל גם בהברחת מעפילים מארצות המגרב בצפון אפריקה וכ-150 הגיעו במטוסים (מבצע כנף). הבריטים הקשו עוד יותר את הכניסה לארץ ישראל וגירשו למעלה מ-52,000 מעפילים למחנות המעצר בקפריסין. היה אף ניסיון שנכשל להחזיר את מעפילי האונייה "אקסודוס", לארץ המוצא, צרפת, ולבסוף הם הוחזרו למחנות העקורים בגרמניה.