הגליקוגן נמצא בתוך בועיות בציטוזול יחד עם האנזימים האחראים למטבוליזם שלו. בכל מולקולת גליקוגן ישנם כ-55,000 שיירי גלוקוז. פלמור שיירי הגלוקוז במולקולה אחת מאפשר אחסון מספר רב של שיירים, תוך השפעה מועטה יחסית על הלחץ האוסמוטי. בעוד שריכוז הגליקוגן בתאים הוא 0.01 מיקרומולר, ריכוז של אותה כמות שיירי גלוקוז לא מפולמרים היה 400 מילימולר.

גליקוגן הוא חומר תשמורת חשוב על אף שכמות האנרגיה האצורה בו קטנה מזו שבמולקולות שומן, משום שהשבירה המבוקרת שלו מעלה את ריכוז הגלוקוז בין הארוחות ולכן הוא שומר על ויסות ריכוז הגלוקוז בדם. עובדה משמעותית מכיוון שהגלוקוז הוא חומר האנרגיה היחיד של המוח, למעט במקרים של הרעבה ממושכת או דיאטה קטוגנית. בנוסף, הגלוקוז המתקבל מפירוק גליקוגן, זמין יותר ממקורות אנרגיה אחרים, ולכן מתאים לתנאים הדורשים פעילות שרירית מהירה ופתאומית (כמו ריצה במאוצים). יתר על כן, פירוק גליקוגן לא צורך חמצן ולכן הוא משמש בתנאים אל-אווירניים.