ביטוי אופייני למחלות אלה הוא מוות של תאים והרס של רקמות בגוף המתרחשים באזור כלשהו בגוף ללא סיבה ברורה. בדיקה מעמיקה יותר תגלה ברקמה הפגועה חדירה של לימפוציטים מסוג T ההורגים תאים וגורמים לנזקים שונים כגון הצטברות חומרים מזיקים המובלים לכיוון הרקמה למטרת הרס ופגיעה בתפקודה התקין. ברוב המקרים עדין לא ידועה הסיבה להתנהגות זו של מערכת החיסון.

מחלות חיסון עצמי הן לרוב חשוכות מרפא, וגם הגורמים להן ברובם אינם ידועים. הטיפול הוא בעיקר סימפטומלי – טיפול המנסה להקל על התסמינים, אך אינו מתיימר לרפא את המחלה.