Филогения или
филогенеза се нарича схемата на произхода и
еволюцията на
организмите. Общата филогения на всички
видове може да се представи с
дървовидна структура, свързваща всички съществуващи и изчезнали видове в единно
дърво на живота, показващо
генеалогичните отношения между тях. В края на
19 век е била общоприета теорията, че онтогенията отразява филогенията (т.н. биогенетичен закон на
Ернст Хекел). Вярвало се е, че индивидуалното развитие на даден организъм директно съвпада с еволюционното развитие на вида. Тази ранна версия на хипотезата междувременно е опровергана, макар че тясната връзка между онтогения и филогения се признава и е обяснена със съвременната
еволюционна теория.