Jotta komissio voisi toimia perussopimusten valvojana ja yleisen edun puolustajana, sille on annettu aloiteoikeus. Tämä oikeus valtuuttaa ja velvoittaa komission tekemään niitä aloja koskevia ehdotuksia, jotka sisältyvät unionista tehtyyn sopimukseen, joko sen vuoksi, että sopimuksessa erityisesti niin määrätään tai siksi, että komissio katsoo sen tarpeelliseksi.
Tämä aloiteoikeus on komission yksinoikeus yhteisöä koskevissa asioissa (Euroopan unionin ensimmäinen pilari), sillä periaatteena on, että neuvosto tekee päätökset ainoastaan "komission ehdotuksesta", jotta kaikilla aloitteilla olisi yhtenäiset kehykset.
Yhteisessä ulko- ja turvallisuuspolitiikassa (toinen pilari) komissio voi tehdä aloitteita samoin kuin jäsenvaltiotkin. Sillä ei kuitenkaan ole vastaavaa oikeutta eräillä oikeus- ja sisäasioita koskevilla aloilla (kolmas pilari).
Lisäksi neuvosto ja Euroopan parlamentti voivat pyytää komissiota tekemään aloitteen, jos ne pitävät sitä tarpeellisena.
Aloiteoikeudella katsotaan olevan keskeinen merkitys yhteisön toimielinten väliselle tasapainolle.
Komission aloiteoikeus on Amsterdamin sopimuksella ulotettu koskemaan uusia politiikkoja (työllisyys, terveys) ja henkilöiden vapaata liikkuvuutta sekä kolmatta pilaria koskevia kysymyksiä. Kolmanteen pilariin kuuluvissa asioissa komissiolla on jaettu aloiteoikeus jäsenvaltioiden kanssa.
Katso:
Euroopan unionin pilarit
Euroopan komissio
Oikeus- ja sisäasiat
Vapauteen, turvallisuuteen ja oikeuteen perustuva alue
Yhteinen toimielinjärjestelmä
Yhteinen ulko- ja turvallisuuspolitiikka (YUTP)