萬曆二十二年(
1594年)因忤旨被削職為民,萬曆二十六年(
1598年)八月,在惠山第二泉處講學,力駁
王守仁“無善無惡心之體”之說。萬曆三十二年(
1604年)修復
東林書院,與
高攀龍、
錢一本、
于孔兼等講學於此,與高攀龍並稱“顧高”,又同顧允成、高攀龍、安希范、劉元珍、
錢一本、
薛敷教、葉茂才時稱「東林八君子」,立下《東林書院會約》,年有大會,月有小會。東林諸生「講習之餘,往往諷議朝政,裁量人物」,一時朝野應和,與朝中閹黨勢同水火,被稱為“東林黨”。《
明史紀事本末》-{云}-:「今日之爭始於門戶,門戶始於東林,東林始於顧憲成」。萬曆四十年(1612年)五月二十三日卒,葬無錫查橋關涇村西南處,人稱“天官墳”。天啟初年,贈太常卿。後來
東林黨爭爆發,被魏黨削官。崇禎初年獲得平反,贈吏部右侍郎,
諡號端文。著有《小心齋札記》18卷,《毗陵人物志》9卷,《顧端文遺書》等。