君士坦丁九世是帝都（
君士坦丁堡）官僚贵族的代表。他的父亲狄奥多西是
巴西尔二世皇帝与君士坦丁八世皇帝在位时的朝中重臣，后来因被怀疑卷入宫廷阴谋而失宠。但君士坦丁依靠与罗曼努斯三世皇帝的侄女的婚姻而再度踏上仕途，并受到当时在位的女皇
佐伊的特殊青睐。佐伊的丈夫米海尔四世出于嫉妒将君士坦丁流放；但在米海尔死后，女皇很快将君士坦丁召回（1042年），并选择他为自己的丈夫和共治者。此举受到
君士坦丁堡牧首阿历克塞一世的强烈反对，因为两人都是第三次结婚，但皇帝夫妇仍于
6月11日举行婚礼（牧首本人缺席）。他们一起统治到
1050年佐伊去世为止。
君士坦丁九世即位后马上驱逐了米海尔四世的所有亲信。新皇帝面临着一系列问题，首先是封建贵族和军队的叛乱。由于受到情妇玛丽亚·斯科莱琳娜的谗言影响，君士坦丁九世解除了在
意大利的拜占庭将领乔治·马尼亚克的职务，导致后者发动兵变（
1042年），造成一场严重危机。马尼亚克宣布自己为皇帝并率军侵入
巴尔干，但在与皇帝的军队战斗中伤重身亡，从而结束了这场叛乱。后来在
1047年又发生了一场更严重的叛乱：君士坦丁九世的侄子、亚得里亚堡总督利奥·托尔尼基奥斯企图推翻他。托尔尼基奥斯得到了
色雷斯封建主集团的支持，并试图进攻君士坦丁堡，但被击退，后来在另一次战斗中被俘。这次叛乱大大削弱了帝国在巴尔干地区的防御力量，导致
1048年佩切涅格人入侵该地区，并在此后5年多次进行劫掠，造成很大破坏。
