Наред с
тюркутите, уйгурите са един от най-големите и устойчиви тюркски народи в
Централна Азия. В периода
460–
545 г. уйгурските племена влизат в състава на номадското племенно обединение
Руран на територията на днешна
Монголия и Северозападен Китай. От 541 до 565 част от уйгурите е управлявана от
белите хуни, заедно с голяма част от
Централна Азия и Северен Китай. По-късно уйгурите са подчинени от Гьоктюркския хаганат. Известни като
хуихе ((回紇) в китайските източници, през
8 век те създават свой хаганат и изместват тюркутите.
Уйгурският хаганат просъществува от
745 до
840 г. и при най-голямото си разширение достига от
Каспийско море до
Манджурия. Когато хаганатът е унищожен от
киргизите, отделни групи уйгури мигрират към нови райони, включително днешните Синцзян и Гансу и степите на Средна Азия. В Джунгария и Таримската низина уйгурите се смесват със завареното
ираноезично население — тохари и заселилите се след тях саки и согдийци. Там те създават своя държава, т.нар. Идикутско ханство, което просъществува до
1209, когато е покорено от
монголите на
Чингис хан.